Вот моё личное мнение по этому поводу.
Chrono Trigger и Chrono Cross… Сравнивать их, конечно, очень тяжело, ибо каждая из этих игр обладает некой своей изюминкой, которая отсутствует у другой. Однако, сравнить всё же есть что.
-----------------------------------------------------------------------------
Сюжет.
---------
Мне кажется, что сюжет Chrono Trigger более интересен и продуман, неповторим и уникален, чего не скажешь о Хронокроссе. Да, часть с Богами Драконами напомнила мне игру Дыхание Огня IV. Могли бы, конечно, разработчики из Square Soft (Enix) придумать что-то более интересное… Иссякает, видимо, потихоньку, дух фантазии.

Графика.
----------
Ну, тут понятно, 100% лидирует Хронокросс. И куда бедному Хроно Триггеру, выпущенному аж в 1995 году (если не ошибаюсь), до Хронокросса – как до звёзд. При всём при этом, даже сейчас, графика в Хроно Триггере смотрится очень даже прилично.

Музыка.
----------
Хорошие музыкальные темы есть как одной, так и в другой игре. Тут ничего плохого сказать не могу. Особенно мне понравились несколько мелодий из Chrono Cross. Это Time's Scar и Dragon God. Правда, для сражений могли бы разработчики подобрать музыку и получше (это я Хронокросс имею в виду)…

Сложность игры.
--------------------
Возможно, по этому пункту многие будут спорить, как впрочем, и по первому, но я считаю, что сложнее всё-таки Chrono Trigger. В Хронокроссе есть несколько боссов, конечно, заслуживающих внимания (Дарио, Криосфинкс), но в Хроно Триггере их, вроде, больше. Да и обычные монстры посильнее будут в Хроно Триггере опять же.

Персонажи.
--------------
Что сказать… Персонажей в Chrono Cross действительно МНОГО! Но, вот вопрос: пошло ли это игре на пользу, или же, всё-таки во вред? Из всего многообразия героев, к сюжету имеют отношение человек 8-10 максимум. Недоработали и историю персонажей. О большинстве мы, игроки, не знаем практически ничего! И превращаются они тем самым в набор неких «солдатиков» или «юнитов». Выбирай себе из целого набора – и вперёд, в бой! При этом, принципиальных различий между персонажами, в отличии от Хроно Триггера, в Хронокроссе нет. Да, разница в кол-ве слотов под «элементы», различие в техниках, ХП, «личном элементе» – но и только…
В общем, если убрать из игры примерно половину (как минимум) героев, то игра ничего бы не потеряла, а может быть, даже и выиграла бы. Это моё личное мнение.

Последний босс.
-------------------
Касательно последнего босса вот что скажу: в игре Chrono Cross один из самых слабых последних боссов, что я видел. Да да, я знаю, что убивать его не надо, а надо Хронокросс применить для получения хорошей концовки, но всё же… А то, что творил Lavos (последний босс) в Хроно Триггере, особенно его вторая форма – вот это я понимаю, мощно бил!

Есть ещё несколько параметров, по которым лично я даю оценку игре, но я не стал их здесь указывать, обозначив только самые основные.

Итог.
------
По моему  мнению, победу одерживает Chrono Trigger, лично для меня это так…

*Прошу заметить, что всё написанное выше - только моё личное мнение, не коим образом не поганящее великолепную игру Chrono Cross (а некоторые могут подумать именно так). Я сам в неё играл много раз и мне она очень понравилась, но, всё же, по-моему, она  проигрывает игре Chrono Trigger.